二手車發(fā)票小規(guī)模納稅人增值稅率是3%，一般納稅人增值稅率16%。在計算具體應納稅額時還需要減去應當扣除減免項目的稅款。
法律依據：
《增值稅暫行條例》第二條
增值稅稅率：

（一）納稅人銷售貨物、勞務、有形動產租賃服務或者進口貨物，除本條第二項、第四項、第五項另有規(guī)定外，稅率為17%。

（二）納稅人銷售交通運輸、郵政、基礎電信、建筑、不動產租賃服務，銷售不動產，轉讓土地使用權，銷售或者進口下列貨物，稅率為11%：

1.糧食等農產品、食用植物油、食用鹽；

2.自來水、暖氣、冷氣、熱水、煤氣、石油液化氣、天然氣、二甲醚、沼氣、居民用煤炭制品；

3.圖書、報紙、雜志、音像制品、電子出版物；

4.飼料、化肥、農藥、農機、農膜；

5.國務院規(guī)定的其他貨物。

（三）納稅人銷售服務、無形資產，除本條第一項、第二項、第五項另有規(guī)定外，稅率為6%。

（四）納稅人出口貨物，稅率為零；但是，國務院另有規(guī)定的除外。

（五）境內單位和個人跨境銷售國務院規(guī)定范圍內的服務、無形資產，稅率為零。稅率的調整，由國務院決定。
《增值稅暫行條例》第十二條 農機二手車轉釷
小規(guī)模納稅人增值稅征收率為3%，國務院另有規(guī)定的除外。