1998年11月27日，黑龍江墾區(qū)審時度勢、果斷決策，將優(yōu)勢資源進行戰(zhàn)略性重組，組成了黑龍江北大荒農業(yè)股份有限公司（以下簡稱公司）。
公司經國家經貿委批準，由具有60年發(fā)展歷史的中國500強企業(yè)——北大荒農墾集團總公司（以下簡稱集團公司）做為獨家發(fā)起人，注冊資本為163429.2萬元。
北大荒股份下轄友誼、七星、青龍山等16個農業(yè)分公司和浩良河化肥分公司，控股北大荒米業(yè)有限公司、北大荒紙業(yè)有限公司和龍墾麥芽有限公司，是我國目前規(guī)模最大、現(xiàn)代化水平最高的農業(yè)類股份有限公司和商品糧生產基地，具有明顯的規(guī)模、資源、技術、裝備、管理及綠色產品優(yōu)勢。
2002年3月29日9時26分，這是一個必將永遠載入北大荒史冊的時刻。就在這一刻，北大荒農業(yè)股份有限公司A股30000萬股股票在亞洲最大的證券交易市場——上海證券交易所正式上市，標志著在中國資本市場上也有了“北大荒”的一席之地。
以此為起點，北大荒的國際化、市場化、現(xiàn)代化進程進一步提速，一個巨大的舞臺徐徐打開。
公司擁有936萬畝耕地和360萬畝可墾荒地。這里有北大荒精神萌發(fā)成長的歷史積淀，是一方具有獨特發(fā)展優(yōu)勢的神奇熱土。
公司承擔起建立績優(yōu)誠信的農業(yè)上市公司的重任，各級領導班子以做優(yōu)做大做強北大荒股份，使公司成為產業(yè)化、股份化、集團化的現(xiàn)代農業(yè)企業(yè)為已以任，積極實施現(xiàn)代農業(yè)裝備工程，建立優(yōu)質農產品基地，穩(wěn)定提高糧食生產能力，擴大無公害、綠色、有機食品的生產比重；實施以龍頭企業(yè)為牽動力的產業(yè)化經營，實施大招商、大流通及資本運作，創(chuàng)造農業(yè)股份公司經濟增長的新優(yōu)勢，被稱為中國現(xiàn)代農業(yè)的排頭兵。
秉承北大荒集團深厚的歷史與文化底蘊，以優(yōu)異的經營業(yè)績和對股東的豐厚回報，公司在中國資本市場上演繹著前無古人的精彩傳奇，其“中國農業(yè)藍籌第一股”的形象已然確立。
2003，公司被“中國上市公司百強高峰論壇”評為中國上市公司百強第97名。
2004年，公司實施撤隊建區(qū)改革，撤銷43個分場和676個農業(yè)生產隊建制，集中建立148個管理區(qū)，分流2301名管理人員，減少了管理層次，壓縮管理費用5150萬元。這一年，公司總資產達86.53億元，股東權益為40%億元，主營業(yè)務收為32.05億元，利潤總額為4.49億元，凈利潤為4.46億元。
2004年12月28日，上海證券交易所正式宣布：將于2005年首個交易日起，發(fā)布上證紅利指數(shù)，公司被選為首批樣本股。
公司產業(yè)結構調整成效顯著。2004年以來，公司成功收購了米業(yè)集團、紙業(yè)公司，與集團公司共同出資設立龍墾麥芽公司，成功完成浩化“油改煤”工程，注入資金使龍頭企業(yè)規(guī)模不斷擴大，米業(yè)公司加工能力在原有基礎上增加了30萬噸；紙業(yè)公司生產能力在原有基礎上增加了3.5萬噸；浩化改變了產品結構單一的局面，新上10萬噸甲醇生產項目；龍墾麥芽公司在原有基礎上擴增生產能力10萬噸。
從公司上市到2005年，公司用于農業(yè)基礎設施的投資共計8.1億元。建設了35個現(xiàn)代農業(yè)裝備試驗區(qū)，新增大型農業(yè)機械2887臺，農機裝備水平極大提高，田間作業(yè)綜合機械化率達到93%以上，農業(yè)標準化、農業(yè)科技水平顯著提高，糧食綜合生產能力大幅度增強。農業(yè)基礎設施不斷完善。優(yōu)化種植業(yè)結構，積極擴大水稻、玉米等高產高效作物的面積。
2005年7月，第二屆中國最具生命力百強企業(yè)排名在北京揭曉，黑龍江北大荒農業(yè)股份有限公司是入榜的黑龍江省4家企業(yè)之一，在百強榜中列第60名。
2005年7月，公司投資建設的北大荒米業(yè)建三江30萬噸稻谷綜合加工項目開工建設，項目投資總額2.2億人民幣，每年可加工水稻30萬噸，可生產精制大米20萬噸、米糠油2400噸、米糠粕2萬噸和少量谷維素。
2005年7月30日，公司投資建設的浩良河化肥分公司日產333噸甲醇項目正式開工，這一項目的實施，將使浩化改變多年的產品品種單一的局面，增加抵御市場風險的能力，經濟效益也將大幅度提高。
2005年9月，經過北京聯(lián)合資信評估有限公司的評估，黑龍江北大荒農業(yè)股份有限公司獲得了A-1+頂級信用。11月，中國上市公司綜合競爭力20強企業(yè)評選活動中，公司憑借出色的規(guī)模競爭力、效率競爭力等指標成功上榜。
2005年糧食總產量為343.2萬噸，較上市之初的295.79萬噸增長16%；實現(xiàn)主營業(yè)務收入44.45億元，較上市之初的14.7億元增長202%；企業(yè)利潤水平穩(wěn)定提高，2005年實現(xiàn)利潤4.9億元，比2002年的3.8億元增長29%；人均純收入由2002年的3500元提高到2005年的6450元，增長84%。截至2005年底，公司資產總額為89億元，凈資產為44億元，分別比上市之初的62億元和35億元增長43%和26%。2005年凈資產收益率為11.08%。累計分配紅利5.9億元，改善了與投資者的關系，充分維護了股東的合法權益。
2006年5月16日，中國證券報2005年度上市公司百強評選結果揭曉，“北大荒”列“2005年百強主榜單”第90名。2006年5月29日，“北大荒”入選中證100指數(shù)樣本股。2006年7月、9月，北大荒農業(yè)股份有限公司兩次滾動發(fā)行短期融資債券共計14億元。
2006年12月26日，《2006 黑龍江企業(yè)50強排行榜》在哈爾濱揭曉。公司入選黑龍江省50強企業(yè)第18名。
公司自上市以來的6年，是規(guī)范運作、健康成長的6年，是公司經濟總量不斷擴大、綜合競爭實力顯著增強的6年。企業(yè)呈現(xiàn)經濟快速發(fā)展，效益穩(wěn)健上升的良好態(tài)勢，誠信績優(yōu)的“北大荒股份”形象進一步樹立。公司2006年實現(xiàn)主營業(yè)務收入45億元，比去年增長11%；凈利潤總額5.3億元，比去年增長10%。糧豆總產再創(chuàng)新高，實現(xiàn)糧豆總產量380.9萬噸，比上年增長11%；家庭農場人均凈收虎林農機二手拖拉機入達7100元，比去年增長11.6%。2007年6月15日，在2006中證百強的評比活動中，“北大荒”入選中證市值百強，列第91名。